自從制度改革以后，工商局對于企業注銷的文本材料進行了多次修訂，關于貫徹落實國務院辦公廳關于加快推進“三證合一”登記制度改革的意見的通知規定，上海公司注銷登記提交材料規范包括稅務機關出具的清稅證明，說明在注銷登記時要提交清稅證明。但是各地已經開始實行簡易注銷程序，對符合條件的企業注銷可不需要清稅證明。
在工作中，有的企業到稅務機關申請注銷時，稅務機關以未登記為由拒絕出具清稅證明，或出具“未登記證明”，讓企業無清稅證明進行工商注銷。但是企業工商注銷規定的材料中又需要提交清稅證明，這種分歧給企業、稅務機關和工商機關帶來了極大的風險。
對于企業來說，沒有清稅證明的注銷是無效的，一旦出現問題，注銷登記有被撤銷的風險，還要追究法律責任。
對工商登記機關來說，缺少清稅證明辦理注銷是違反《材料規范》的原則，基本登記雞冠石沒有權利對規范進行修改或擴大解釋的。
對于稅務機關來說，根據國稅總局的規定，企業領取一照一碼營業執照后，就已經進行了稅務登記。因此，稅務機關不出具清稅證明或違背實際情況出具“未登記證明”，會給稅務機關帶來行政風險。
在企業注銷和清稅的過程中，下面幾個問題要有清晰的認識：
1、領取一照一碼營業執照即完成稅務登記
一照一碼登記改革之后，多證合一，因此企業取得一照一碼營業執照之后，就已經完成了稅務登記，不用再次到稅務機關辦理稅務登記。
2、依法受理清稅是稅務機關的義務
企業辦理注銷登記，要先向稅務主管機關申報清稅。企業可以向國稅、地稅任一方期初清稅申請，清稅完畢后受理機關要向納稅人出具“清稅證明”。
對于一照一碼企業，不能出具“未登記證明”或不出具“清水證明”，如果稅務機關出具“未登記證明”，只能說自身沒有理解政策，沒有對未登記企業盡到監管職責。
3、清稅證明的依據
國家工商總局和國家稅務總局為此專門發布了工商企注字[2015]147號文件《國家工商總局、國稅總局關于做好“三證合一”有關工作銜接的通知》(147號文)。
文件規定，已實行“三證合一、一照一碼”登記模式的企業辦理注銷登記，申請人應持稅務機關出具的《清稅證明》，向企業登記機關申請辦理注銷登記。
文件還規定了“清稅證明”的樣式，而不是使用既有的“稅務事項通知書”。
4、“未登記證明”是不合法的
一照一碼商事改革之后，稅務機關出具“未登記證明”證明企業未登記，且不予清稅的行為，是對稅總局文件理解落實不到位的表現，也違背了國務院改革政策的初衷。
5、符合簡易注銷的企業無需清稅證明
從2017年3月1日起，簡易注銷全國推行，對于符合條件的企業注銷不用提交清稅證明，但是相應的企業也需要對此承擔相應的責任。
而對于不符合簡易注銷條件，沒有自主申請簡易注銷的企業，工商機關和稅務機關需嚴格執行上級文件，不能簡單的用“未登記證明”或“稅務事項通知書”代替“清稅證明”來完成注銷登記，更不能免予提交。清稅證明要按文件樣式出具，并蓋稅務機關公章。
